Poslední zmínka o mlýně před jeho zničením za švédských válek je z r. 1641. Velmi dlouho trvalo, než byl mlýn znovu obnoven. Městská rada jednala o této možnosti sice již v r. 1668, ale mlýn byl vybudován až v letech 1686-1688. Velkou zásluhu na tom měl velký propagátor budování drobných průmyslových podniků, tehdejší purkmistr Matyáš Jiří Buhff, který v dubnu 1686 předložil magistrátu projekt nového mlýna. Po značných průtazích byla stavba dokončena v r. 1688 nákladem města.
Mlynář Václav Gärtner mlýn držel do r. 1693. Po něm následovali 1694-1696 Vilém Tassel, 1697-1703 Daniel Axmann, 1704-1711 Ondřej Fleckh, a 1711-1724 Gottfried Tintz. V r. 1726 byl mlýn pronajat Václavu Meltschovi, který ho měl v nájmu do r. 1730. Ve stejný rok město mlýn pronajalo Ondřeji Potschovi, mlynáři z Města Libavé. Po něm držel mlýn Jan Friemel a to až do r. 1745, kdy mlýn město pronajalo Janu Halovi a po něm v r. 1748 Gottfriedu Schreüerovi, dříve mlynáři na lazeckém mlýně. Dalším nájemcem byl v letech 1752-1753 Karel Schestak.
V 50. letech 18. století, již v období výstavby olomoucké barokní pevnosti, se běžně stávalo, že při fortifikačních pracích byl mlýn často mimo provoz. Důsledkem toho chátral a r. 1755 byl v dezolátním stavu, stejně jako městská papírna, umístěná v jeho těsné blízkosti. Ve stejném roce byl mlýn i s papírnou pronajat Františku Semlerovi z Horky za velmi nízkou cenu 1500 zl. Nový nájemce se zavázal, že dá obě zařízení opět do provozu, přičemž z papírny se měl zřídit mlecí mlýn se dvěma složeními a tak se také stalo. Nově vystavěný mlýn však nebyl v chodu ani rok a při pruském obležení města r. 1758 rozhodla městská rada na příkaz pevnostního velitele, že mlýn musí být do základů zbořen. Stavba nového mlýna na původním místě si vyžádala dobu desíti let a teprve v r. 1768 byl znovu uveden do provozu. V r. 1786 byl mlýn odhadnut na 2550 zl.
Držitelem mlýna byl v r. 1768 František Gabriel a po jeho smrti v r. 1786 připadl mlýn jeho manželce Kateřině, která ho koupila i s bývalou papírnou. Kateřina Gabrielová pak mlýn nebo jeho část pronajala na kratší dobu Martinu Sedláčkovi, ovšem v jejím vlastnictví mlýn zůstal i nadále a teprve v r. 1803 ho přenechala své dceři Cecílii Heintlové. Ta ho se svým manželem Ignácem vedla do r. 1810, kdy ho prodala mlynáři Karlu Wichtovi. Kolem r. 1830 pak mlýn naposledy změnil majitele, kdy ho koupil Jan Trautmann. Na druhém břehu vodního ramene byla v 50. letech 18. stol. vystavěna Salzerova reduta - pevnůstka jako součást předsunutého opevnění k ochraně přístupových cest k městu od jihu a k ochraně stavidla k zatopení předpolí Olomoucké pevnosti. V letech 1834-1835 byla pevnůstka přestavěna a rozšířena. V r. 1841, kdy byl mlýn normálně v provozu, se však magistrát usnesl po dohodě s vojenskou správou mlýn zrušit a Trautmann souhlasil s jeho vykoupením. Objekt byl přidělen městskému střeleckému bratrstvu a vojenský erár se zavázal, že na tomto místě již nikdy nebude žádný mlýn vystavěn. V r. 1908 v blízkosti místa, kde stával Salcarův mlýn, nechalo město vystavět budovy nové městské plynárny, které zde stojí dodnes.
Nájem se v letech 1711-1724 pohyboval mezi 300-400 zl., v r. 1726 činil již 650 zl., r. 1730 685 zl., r. 1745 761 zl., r. 1748 715 zl. Mezi lety 1752-1753 nájem kolísal mezi 701-715 zl., v r. 1755 činil 917 zl. a v r. 1803 600 zl.
